2016年，马倩倩领衔主演的现代动作片《精武门之逆天行者》上映，而这也是她的首部影视作品。2017年，马倩倩主演了犯罪动作片《王者归来之熊心豹子胆》，其在片中饰演的是善良、执着，且心怀演员梦想的女主角小蕊；同年，她还与陈浩民、胡然等人合作主演了古装武侠剧《新六指琴魔》，并在剧中饰演了飒爽纯美，洒脱阳光的侠女独孤鸿。

2018年6月，马倩倩主演了都市爱情剧《甜心软糖》，其在剧中饰演的是坚韧乐观、天真果敢的女主角阮棠；7月，主演的古装魔幻悬疑片《妖狐传》上映，片中她饰演了妩媚妖娆，呆萌可爱的九霄灵狐小九；随后，马倩倩还主演了音乐武侠片《噪乐江湖》，其在片中饰演的古琴派后人姜妙弦天真烂漫，却敢爱敢恨，是位古装版的猫系女友；10月，主演的青春校园剧《逆青春》开播，她在剧中饰演温柔俏皮，又深情专一的体院健美操班女队王牌夏雨；同年，马倩倩还在古装爱情喜剧《四大才子》中饰演了集美貌与才华于一身的女主角秋香。

2019年，马倩倩主演了青春励志剧《藤科动物也凶猛》；随后，她还在与黄景瑜、吴谨言等人联袂主演的都市励志剧《青春创世纪》中饰演了伶俐俏皮的电商播主李可可；12月，其主演的《逆青春第二季》开播，她在剧中则继续饰演健美操女神夏雨。

2020年1月，马倩倩主演的番外篇电影《四大才子番外之真假唐伯虎》上映，其在片中饰演的依然为女主角秋香；7月8日，与许凯、吴佳怡等人合作主演的古装青春励志剧《天舞纪》在爱奇艺播出，剧中她饰演了刁蛮灵秀，又元气满满的尚书千金崔翩然。

2021年3月20日，马倩倩主演的古装动作片《霸王》在横店开机；10月18日，参演的奇幻爱情喜剧《喂，给你我的小心心》在宁波开机；10月22日，其主演的爱情轻喜剧《我的老板为何那样》杀青。