2008年，担任蔡明亮导演的剧情片《脸》的副导演。2009年，创作了反映北漂生活的电影剧本《地下香》。2011年，为了创投剧本，参加戛纳、鹿特丹、釜山、圣丹斯等电影节，2013年，鹏飞在都灵拿到了该片的最佳企划案和一部分资金，回中国筹备影片。

2012年，参与了蔡明亮的生活微电影《行者》系列中的两部短片的制片工作。2013年，担任蔡明亮导演的剧情片《郊游》的编剧，该片获得第70届威尼斯电影节评委会大奖和第50届台湾电影金马奖5项提名。

2015年，执导的电影处女作《地下香》入围第72届威尼斯电影节“威尼斯日”单元，这是中国内地影片第一次入围该单元，该片获得第72届威尼斯电影节平行单元“威尼斯日”的欧洲影评人协会最佳影片奖，第51届芝加哥电影节新锐导演竞赛单元金雨果奖，鹏飞也成为了获得这两个奖项的第一位华人导演。此外，该片还入围了釜山国际电影节“亚洲电影之窗”单元，获得香港亚洲电影大奖亚洲新导演奖和亚洲影评人联盟奖提名。

2016年，在中缅边境城市云南沧源体验生活，创作了反映留守儿童题材的电影剧本《米花之味》。2017年1月，自编自导的剧情片《米花之味》杀青。9月，该片获得第74届威尼斯电影节“威尼斯日”单元特别提及奖、俄罗斯索契电影节优胜奖、第一届平遥国际电影展“中国新生代”单元欢迎影片、第4届豆瓣电影年度榜单“年度华语独立佳作”提名。该片于2018年4月20日在中国大陆公映，也是其第一部在中国院线上映的作品。12月，执导新浪娱乐“最美表演”中的两个短片，分别是潘粤明主演的《秘密》和吴秀波主演的《行者》。

2019年1月，执导的剧情片《又见奈良》入围第17届香港亚洲电影投资会电影计划。11月3日，由河濑直美、贾樟柯监制，鹏飞编剧并执导的剧情片《又见奈良》在奈良开机。

2021年3月19日，讲述日本战后遗孤题材的剧情片《又见奈良》在中国公映。该片由吴彦姝、英泽、国村隼和永濑正敏主演。