2002年，邵芸在古装历史喜剧《大脚马皇后》中饰演了天真烂漫、纯真可爱的小宋敬妃。2007，参演由张国立、陈建斌主演的亲情剧《亲兄热弟》。此后，她还与斯琴高娃、蒋雯丽、吕丽萍、王志文等多位演员有过合作。

2016年5月16日，邵芸主演的黑色荒诞喜剧网络电影《莞城夜未眠》在视频网站上线，她在剧中饰演了纯真俏皮又有些迷糊的柳青青。9月，出演悬疑犯罪电影《荼蘼杀机》，在剧中分别饰演时而柔弱善良的尚南与阴鸷癫狂的尚北；随后，邵芸出席首届绿氧电影季颁奖典礼，并凭借该片获得金槿奖最佳女主角。12月21日，其主演的科幻动作网络电影《梦魇行者》上线，她在剧中饰演了一个能够清晰得记住梦境的女孩姚小沫。同年，她出演由郭靖宇执导的年代剧《娘道》，在剧中饰演腹黑又柔弱的念娣。

2017年6月，邵芸与叫兽易小星领衔主演都市奇幻网络喜剧《万能图书馆》，在剧中饰演表面争强好胜、爱面子，实则内心善良的图书馆馆长张一蕾。

2018年，出演由邹集成执导的古装武侠剧《绝代双骄》，在剧中饰演长相清丽的慕容九。同年，其主演的电影《故事贩卖机》之《鸡汤泡面》播出，在片中饰演小可。

2019年，出演悬疑青春剧《我在香港遇见他》。10月12日，出演的电影《地道奇兵》于山东临沂正式开机。

2020年8月7日，邵芸出演的电影《奇袭地道战》上映；11月26日，主演的青春都市偶像剧《我们的逆青春》，邵芸在剧中饰演酒吧驻唱歌手；

2021年6月17日，主演的奇幻网络电影《大圣无双》在爱奇艺视频独家上线播出，在片中饰演狐阿七；7月21日，主演的冒险动作电影《蛇王岛》在爱奇艺独家播出，在片中饰演动物保护专家周晓晓。